Uprava srpskih monaha nad lavrom trajala je od 1504 – 1623 godine, kada je sklopljen ugovor o preuzimanju uprave nad lavrom između Jerusalimskom patrijašijomi i monaha srpskog manastira Svetih Arhangela u Jerusalimu. Srpski monasi u lavru ulaze pošto su je prdhodno napustili grčki monasi što zbog teškog ekonomskog stanja, a i zbog veoma čestih i surovih napada beduinskih plemena. U svom dugogodišnjem boravku u lavri srpski monasi su se susretali sa istim problemima kao i grčki monasi. Srpski monasi uspeli da ponovo uspostave monaski život i krenu sa obnovom tad u dobrom delu oštećene lavre. O junačkoj borbi srpskih monaha njihovom požrtvovanju, trudu koji su uložili da lavra ne opusti, dok su imali upravu nad njom svedoči i ruski arhimandrit Leonid Kavelin ( 1876) koji u jednim od svojih zapisa kaže:,, S etoj storoni samo otverženije serpskoj inočeskoj obščini, rjevšivšesja, nesmotrja na vedimija opasnosti i zatrudenija spasti od konečnog zapustenija mat vsjeh ustinih obitelej Lavru Svjatogo Savu Osvjaščenogo, zasluživajet obščuju blagodarnost pravoslavnih Hristijan“.
Godina koja koja je istoriski veoma bitna za istoriju Svete Zemlje je 1516 godina kad su Svetu Zemlju i Jerusalim osvojili Turci. Od samog početka vladavine Turaka, izvoditi veće radove, gradit, nadograđivati nije se smelo bez pismenog odobrenja turskih vlasti. To je važilo i za brastvo lavre Svetog Save Osvećenog. Dabi krenuli u izvođenje većih radova morali su imati pismeno odobrenje koje su uspeli da dobiju 1533 godine, dokument ferman sultana Sulejmana Zakonodavca za odobrenje da se može odpočeti sa većim graditeljskim radovima na samoj lari je prvi otomanski dokument, a da se odnosi na samu lavru od tuskog osvajanja prostora Svete Zemlje. Obnavljati dotad porušeno i nadograđivati nije se moglo bez finasiskih srestava. Poznato je da je padom Smedereva 1459 godine prestala postojati srpska srednjovekovna država, a samim tim i i zvor prihoda za srpsku monašku zajednicu u Svetoj Zemlji. Srpsko monaštvo koje pod upravom drži Lavru za pomoć se okreće Rusiji. Tako se u knjigu priložnika od ruskih vladara 1559 godine upisao ruski vladar Ivan Grozni. Drugi otomanski dokument koji se odnosi na lavru Svetog Save Osvećenog je iz 1568 godine, kojim je sultan Selim drugi dozvolio ,,srbima hrišćanima,, da mogu nositi oružije u odbrani manastira od napada razbojnika, koji su bili veoma čsti i surovi. Iz pisma igumana lavre Gavrila, koje je on odneo u Moskvu u kom kaže da lavra opuste od terora ,, agarjanskog,, a da monasi postradaše. Tokom te posete iguman Gavrilo je uspeo da izdejstvuje pomoć od ruskog valdara Borisa Godunova u iznosu od 1000 zlatnika za obnovu lavre, međutim ta pomoć nije bila dovoljna za završetak planiranih radova.
Za izvođenje planiranih radova je dobijena dozvola od sultana Ahmeda prvog. Krenulo se u zidanje odbrambene kule koja je trebala da bude prva odbrana lavre. Četvoro spratna odbrambena kula, u svom sklopu je imala paraklis posvećen Svetom Simeonu Mirotočivom. Gradnja kule je završena 1612 godine i iznosila je 12000 huljada groša.
Da bi srpski monasi do kraja uspeli završiti započeto morali su se zadužiti kod tuskih vlasti 50000 hiljada groša.
Po završetku gradnje kule osiguran je veći stepen zaštite lavre u odbrani od razbojnika, ali pred srpskim monasima se sad nasao jedan veoma velik problem koji će kasnije dovesti i do napustanja i predaje lavre, a taj problem je bio kako vratit nagomilane dugove, koji su u jednom trenutku pretio da manastir bude oduzet i ko zna kome predan na upravu. Problem je rešen 1623 godine, kada je na tron Jerusalimske patrijšije došao patrijah Teofan koji je odkupio dugove Lavre i za igumana postavio grka. Ujedno 1623 godine srpski monasi napustaju lavru i tako se zavešava skoro 130 godina srpske uprave na lavrom Svetog Save Osvećenog koja je obeležena stalnom borbom da se lavra obnovi i sačuva. U jednom preiodu od 1623 – 1625 bila opustela, dabi ponovo bila otvorena kao opštežiteljni manastir. No 1685 godine zbog pada zidova koji su manastir stitili, monaštvo je bilo izloženo velikim napadima beduihskih plemena te opuste. Rušitelji su crkvu pretvorili u ostavu za hranu, a portu u staju za kamile i magarce. U vreme patrijaha Dositeja koji je silom izaganao rušitelje iz manastira 1688 godine, obnovio ga i dao mu danasnji izgled. Po odlasku srpskih monaha paraklis Svetog Simeona Mirotočivog je pretvoren u paraklis posvećen Sveto Simeona Stolpnika.
